10x Genomics單細胞轉錄組測序

技術簡介

基于Pacbio10x Genomics單細胞轉錄組測序以單個細胞為單位進行檢測?；谖⒘骺丶夹g的單細胞文庫制備系統，可以同時獲得100-80,000以上的單細胞，制備文庫和Illumina平臺兼容，通過測序實現對高通量單細胞數據進行細胞群體的分類以及細胞群體間基因表達的差異分析，是研究腫瘤異質性，免疫細胞群體和胚胎發育的優秀方法。10X Genomics可應用的細胞類型眾多，如腫瘤細胞、免疫細胞、干細胞、神經細胞、生殖細胞、 胚胎細胞等。

技術路線（實驗+信息分析流程）

 送樣建議

 樣本類型：細胞懸液，組織等

 應用領域

 發育生物學：神經細胞發育研究、腦發育研究等。

 腫瘤方向：腫瘤細胞異質性、腫瘤微環境、腫瘤耐藥性等。

 細胞方向:大規模細胞圖譜構建、細胞分化、稀有細胞類型鑒定等。

 免疫方向：構建免疫圖譜、免疫細胞分化等。

 生物標志物/疾病分型

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 案例分析

Cell Research： 通過單細胞RNA測序追蹤人類胚胎中的第一個造血干細胞生成[1]

研究背景

迄今為止，追蹤人類胚胎中的第一批造血干細胞（HSC）的出現，特別是其稀有和短暫的前體，是具有挑戰性的，主要是由于技術限制和材料稀缺性。

研究策略

本文對509個細胞進行了良好的單細胞RNA測序（scRNA-seq），對11,440個細胞進行了基于微滴的scRNA-seq測序（10X Chromium），從而首次構建了人類胚胎中HSC生成的分子景觀。涵蓋了人類胚胎發生過程中從內皮細胞到HSC轉換的整個過程。

圖1. 人類胚胎單細胞測序分析

參考文獻

[1]. Tracing the first hematopoietic stem cell generation in human embryo by single-cell RNA sequencing. Cell Res. 2019 Nov;29(11):881-894. doi: 10.1038/s41422-019-0228-6. Epub 2019 Sep 9.