宏基因組測序

技術簡介 

宏基因組( Metagenome，也稱微生物環境基因組 Microbial Environmental Genome, 或元基因組)是 1998 年由 Handelsman 等提出的，是環境中全部微小生物遺傳物質的總和，它包含了可培養的和未可培養的微生物的基因，目前主要指環境樣品中的細菌和真菌的基因組總和。以環境樣品中的微生物群體基因組為研究對象，以功能基因篩選和/或測序分析為研究手段，以微生物多樣性、種群結構、進化關系、功能活性、相互協作關系及與環境之間的關系為研究目的的新的微生物研究方法，主要應用于群落結構分析、環境中的基因功能分析、以及發掘新物種。

技術路線

送樣建議

技術參數

案例分析  

研究背景 

阿古拉斯環提供海水循環從印度太平洋到大西洋盆地的主要途徑。它們對全球海洋環流的影響是眾所周知的，但它們的影響在浮游生物運輸中的作用并未闡述清楚。

研究目的

解析阿古拉斯環的環境特征對浮游生物的影響。

研究結果

對海水利用不同孔徑的濾膜進行過濾，分為四個部分 0.2-3.0 微米、5-8 微米、20-180 微米和 180-2000 微米，  對這四個部分進行宏基因組的測序分析，結果顯示南大西洋與印度洋的浮游生物的多樣性不同，通過對輕厄加勒斯環采樣的實時采樣表明，強垂直混合驅動復雜的氮  循環，塑造成了群落代謝和生物地球化學的特征，但是在阿古拉斯環內部是另外一種機制，這種環境限制了印度洋的浮游生物類群向大西洋的擴散。

參考文獻

[1]. Villar, E. et al. Ocean   plankton. Environmental characteristics of Agulhas rings affect   interocean plankton transport. Science 348, 1261447,   doi:10.1126/science.1261447 (2015).