真菌基因組重測序

技術簡介

真菌基因組重測序是對已知的真菌基因組進行測序，并對個體或者群體樣品進行分析，能夠分析近源菌種之間的單核苷酸多態性 (SNPs) 、插入 (Insertion) 、缺失 (Deletion) 、拷貝數變異 (CNV) 等基因組變異類型。主要應用于通過比較基因組分析挖掘動植物病原真菌的關鍵致病因子、挖掘食用及藥用真菌主要功能基因、通過大樣本量的群體分析可得出物種進化規律、地理分布規律等。

技術路線

送樣建議

技術參數

案例分析

基因組重測序技術揭示木質腐生蘑菇遺傳多樣性^[1]

研究背景              

不同物種數量變化在于它們擁有的大量的遺傳多樣性。在真核細菌中普遍存在核酸多樣性以及核酸結構不同的現象。以裂褶菌為例探索核酸多樣性。

研究目的

通過全基因組測序技術研究裂褶菌核酸多樣性特征。

研究結果

比較分析 24 個裂褶菌單倍體基因型 (12 來自美國，12 來自歐洲的俄羅斯)，結果發現在美國同義位點的多樣性為 0.13，在俄羅斯的同義位點的多樣性是 0.20，異常高的核苷酸多樣性水平，也導致蛋白氨基酸水平的多樣性。利用 2 個母本和 17 個后代單倍體基因型的全基因組測序顯示突變率是非常高的，達到了每代每個堿基的突變率為 2.0×10-8 。高的多樣性是由其突變率升高引起的。

圖1. 裂褶菌基因多態性類型

參考文獻

[1]. Baranova, M. A. et al. Extraordinary Genetic Diversity in a Wood Decay Mushroom. Mol Biol Evol 32, 2775-2783, doi:10.1093/molbev/msv153 (2015).